Wiedział Piotr Skarga, jakie zagrożenie niosą ze sobą liczne wówczas w królestwie polskim herezje. Znał miernotę i nijakość wielu katolików, dlatego krytykował tych flegmatyków „co to jako barszczykowie rzeczy dobrych, świętych, Boskich, sprawiedliwych, popierać y gorąco ich odprawować nie mogą. Ani ciepli ani zimni, ale rozmokli, jako zmokła kokosz, tak się ruszają, nic nie sprawują, y wyrzucenia godni są wedle Pisma”- pisał w „Kazaniach na niedziele i święta”.
Oburzała Skargę ta „oziębłość, nikczemność y ziewanie flegmatyckie katolików niektórych: którzy nie patrzą na koniec, do którego wszystkie herezje zmierzają”. Katolickie na wskroś było jego rozumienie tolerancji. „Wszystkie zaraz heretyctwa wypleść: to niepodobieństwo, zwłaszcza gdzie się zasypało y omieszkało, a gdzie się ich tak namnożyło, iż bez szkody pszenice plewidło być nie może” – pisał Jezuita. Dlatego też jego katolicka tolerancja była znoszeniem, a raczej ścierpieniem herezji. Widział Skarga w szerzących się kacerstwach zgubę dla dusz i rozłam religijny prowadzący do zniszczenia fundamentów katolickiego porządku społecznego.
Skarga nawoływał także duchownych do duchowej wojny z trucizną heretycką. Nie nawoływał jednak do wojny otwartej „bo katholicy iako wołowie, y duże konie, nie czują się w mocy swey, ażeby ie wielki przymus ściskał”. W konfederacji warszawskiej upatrywał ogromnego niebezpieczeństwa, uznawał jednak, że wojna domowa byłaby większym złem, gdyż nie byłoby w niej wygranych i doprowadziłaby do upadku królestwa. W tym też duchu znosił herezję, ale nie zgadzał się na jej uprzywilejowanie i zawsze wskazywał na tragiczne, dla duszy i całego państwa, skutki jej szerzenia. Jednak dla protestanckich dysydentów, takich jak np. Diabeł Stadnicki walka o tolerancję oznaczała zamykanie katolickich kościołów, ich profanacje i napaści na księży głoszących kazania. Konfederacja warszawska, o którą tak walczyli dysydenci, oznaczała w rzeczywistości konieczność brania w obronę, przez katolickiego monarchę, każdego bluźniercy.
W piątym z „Kazań Sejmowych” uczy „Jako katolicka wiara policyj i królestw szczęśliwie dochowywa, a heretyctwo je obala” Herezja nie sprzyja również, zdaniem O. Piotra, sprawiedliwości będącej fundamentem królestwa. W dalszym ciągu Kazania Piątego królewski kaznodzieja poucza, że herezja niszczy i podkopuje autorytet władzy, a w ten sposób uderza w fundamenty państwa. „I teraz są takie między lutry i ewangelki błędy, które nauczają, iż urzędnik, król albo starosta, w grzechu śmiertelnym będąc, urząd traci, i nikt go nie winien słuchać” – pisze Skarga. Wspomina też arian, którzy głosili, że poza Chrystusem nie mają żadnego króla. „Wiara katolicka pilnie i często naucza, aby każdy Boga się bał, a króla czcił, jako Piotr ś. nauczał, aby każdy urzędom, królowi i sprawcom jego podlegał, aby się ich miecza bał, aby o nieposłuszeństwo ku nim sumnienie miał” – odpowiada kaznodzieja.
Kazania, które głosił Skarga, zawsze miały odzwierciedlenie w jego świątobliwym życiu. „Kaznodzieja, gdy sam źle żyje, mało kazaniem zbuduje” – mawiał o posłudze na ambonie. Przed wygłoszeniem każdego kazania prosił w modlitwie o Bożą pomoc i odprawiał pokutne biczowanie. Był także gorliwym czcicielem Matki Bożej. Jej czystość i Niepokalane Poczęcie uznawał za dogmat na długo przed jego ogłoszeniem.