O. Piotr przyjeżdżał często do podkrakowskiej Mogiły, aby tam, przed cudownym wizerunkiem Ukrzyżowanego, odprawiać Msze Święte. Podczas jednej z liturgii, której uczestnikami byli wierni, Chrystus Pan przemówił z krzyża do O. Piotra Skargi. Jednakże nikt, oprócz kapłana, nie mógł zrozumieć słów Ukrzyżowanego. Cztery lata przed swoją śmiercią, w trakcie odprawiania Mszy św. miał widzenie niezwykłego światła jaśniejącego wokół Najświętszego Sakramentu. Jak opowiadał, usłyszał wtedy głos: „Daję ci zadatek miłości mojej ku tobie. Przyjmuję cię w jedność ciała mego, abyś był częścią moją nierozdzielną. Czynie cię uczestnikiem dziedzictwa mojego”.
Podczas pracy na wschodzie kraju, widział Skarga spustoszenie duchowe wywołane rosnącymi wpływami pierwszej rewolucji – reformacji. „Nie mogę się od łez powstrzymać, kiedy rozważam, jak Bóg z dnia na dzień utwierdza nas w przekonaniu, że powołał nas na Litwę, w celu podniesienia katolickiej wiary” – napisał w liście do generała.
Nie zabrakło w życiu Skargi dzieł miłosierdzia, do których należą: Arcybractwo Miłosierdzia (celem było urabianie postawy miłosierdzia chrześcijańskiego wśród braci, modlitwa i czyn – cotygodniowa obowiązkowa jałmużna, o prócz tego dobrowolna, do Arcybractwa zapisał się również Zygmunt III Waza wraz z całym swoim dworem) i Skrzynka św. Mikołaja ufundowana przez Mikołaja Zebrzydowskiego, do niej wpłacało się pieniądze na posagi dla biednych a uczciwych dziewcząt.